Катедрата по вътрешни болести води началото си от клиниките по факултетска терапия (Първа вътрешна клиника) и по болнична терапия на вътрешните болести (Трета вътрешна клиника), създадени съответно от големите български интернисти проф. д-р Васил Моллов и проф. д-р Владимир Алексиев. Тези две клиники изиграват важна роля в развитието на класическата и диференциалната диагноза. Те утвърждават вътрешната медицина като основна единица в системата на обучение на лекарите в България.

Първи ръководители на Катедрата по вътрешни болести са били проф. д-р Васил Моллов (1918-1938), проф. д-р Константин Чилов (1940-1955), и проф.д-р Михаил Рашев (1956-1972).

Проф. д-р Васил Димитров Моллов (1875-1938) е роден в Москва и завършва медицина във Виена през 1898 г. Той е началник на вътрешното отделение в Александровска болница от 1908 до 1938 г. Той е един от основателите, а впоследствие и ръководител на Катедрата по вътрешни болести в новосформирания към Софийския университет Медицински факултет(1918-1938), декан на същия факултет и ректор на Софийския университет. Проф. В. Моллов има значителни научни приноси в областта на вътрешните болести, патофизиологията, клиничната лаборатория, проучванията на промените в имунната система при различни заболявания. В основата на неговите успехи стоят задълбочените му медицински познания, изключителната му работоспособност, скромност, самокритичност, дарбата на лекар диагностик и терапевт. С присъщия му организационен опит и талант той издига високо авторитета на Катедрата по вътрешни болести. Проф. Моллов познава своите студенти лично, поддържа контакти с тях след завършването им у нас и в чужбина, има лични стипендианти. Неговите асистенти и ученици стават ръководители на вътрешните отделения на най-големите болници у нас. Всички тези качества на проф. д-р Моллов го правят пример за лекар,учен, учител и ръководител.

Проф. д-р Константин Николов Чилов (1898-1955) завършва медицина във Виена през 1925 г. Той е временен (1940-1945) и редовен ръководител (1946-1955) на Катедра по вътрешни болести; избиран е за член-кореспондент на БАН, за завеждащ Секция по вътрешни болести в Института за обществена медицина и хигиена при БАН (1948-1955) и за заместник директор на същия институт (1948-1950). Проф. К. Чилов има над 250 научни публикации, а написаните от него ръководства по вътрешни болести и клинична лаборатория дълги години са настолни учебни помагала в подготовката на студенти и специализиращи лекари.

Проф. д-р Михаил Костадинов Рашев е роден през 1907 г. Завършва медицина в Париж през 1932 г. Последователно ръководи Катедрата по вътрешни болести при ВМИ – Пловдив, Катедрата по вътрешни болести и физиотерапия при МФ – София (1956-1972), декан на МФ Пловдив (1948-1949) и е ректор на ВМИ– София (1960-1964). Проф. М. Рашев работи по проблемите на атеросклерозата и сърдечната патология. Той е член на Дружеството на френските кардиолози, на Международната асоциация на терапевтите и нейното ръководство, и председател на Научното дружество по вътрешни болести в България (1944-1970).

Проф.д-р Алекси Романов Пухлев (1905-1975) завършва медицина в София и специализира в Германия. Той е ръководител на Катедрата по факултетска терапия на вътрешните болести (1949-1975), ректор на ВМИ – София (1958-1960), член-кореспондент и редовен член на БАН, ръководител на Групата за изучаване на хипертонията при БАН, член на Научния медицински съвет при МНЗ (вкл. и негов председател), представител на България в Експертната комисия по сърдечно-съдови заболявания при СЗО, председател на Проблемната комисия по ендемична нефропатия, един от основателите и първи председател на Съюза на научните медицински дружества в България. За ръководители на Катедрата по вътрешни болести последователно са избирани и проф. д-р Атанас Малеев, проф. д-р Александър Попов, проф. д-р Асен Цанев, проф. д-р Иван Груев, проф. д-р Анна Еленкова, проф. д-р Захарий Кръстев, проф. д-р Людмила Матева, проф. д-р Здравко Каменов.

Развитието на медицинската наука довежда до обособяването на профилирани вътрешни клиники при Медицинския факултет. През 1972 г. с формирането на Медицинска академия болничната база на Катедрата по клиника на вътрешните болести се преустроява в Клиника по кардиология и Клиника по гастроентерология, а тази на Катедрата по факултетска терапия – в клиники по ендокринология и нефрология. Впоследствие Клиниката по нефрология е прехвърлена към Научния институт по нефрология, урология, хемодиализа и трансплантация, а на нейно място е организирана Клиника по хематология. През 1975 г. от тези четири клиники се основава Катедра по вътрешни болести, към която се включват и група от сътрудници по клинична фармакология, които две години по-късно преминават към Катедра по фармакология. След основаването на Катедрата по вътрешни болести тя влиза в състава на Научния институт по вътрешни болести и фармакология. Постепенно към катедрата се присъединяват редица тясно профилирани вътрешни клиники, с което общият им брой от края на 1992 г. нараства на осем: клиники по кардиология, нефрология, хематология, ендокринология (разположени на територията на Университетска болница „Александровска“) и клиники по гастроентерология, ревматология, клиника по вътрешните болести и терапия, и клиника по клинична фармакология и фармакотерапия (разположени на територията на Университетска болница „Св. Иван Рилски“).

Клиниката по кардиология към УМБАЛ „Александровска“ ЕАД е наследник и продължител на традициите на Клиниката по факултетска терапия, която е била основана и ръководена от видни лекари като проф. В. Моллов, проф. К. Чилов. Първи ръководител на самостоятелната Клиника по кардиология е проф. Л. Томов. След това тя се ръководи от проф. Й. Белоев, проф. Ил. Томов, проф. А. Еленкова, проф. Ст. Денчев. От м. май 2006 г. Клиниката по Кардиология на УМБАЛ "Александровска" носи името на проф. Константин Чилов. От  2014 година ръководител на клиниката е доц.д-р Добрин Василев.

Клиниката по ендокринология е създадена през 1975 г. от проф. Александър Попов, който е и първи неин ръководител до 1981 г. Клиниката се обособява при разделянето на съществуващата дотогава Обща вътрешна клиника, в която са работили такива големи имена като професорите Чилов и Пухлев. От 1981 до 1989 г. клиниката се ръководи от проф. А. Цанев, от 1989 до 1992 г. – от проф. Н. Колебинов, от 1992 до 2002 г. – от проф. М. Протич, от 2002 до 2009 г. – от доц. Вл. Христов, а от 2009 г. ръководител на клиниката е проф. З. Каменов. В клиниката са работили ст.н.с. I cт. Е. Върбанов и доц. Г. Лазаров, в нея са получили своята специалност и ендокринолози, които се хабилитират по-късно и понастоящем ръководят клиники в други учебни заведения, пренасяйки ендокринологичната школа на Александровска болница (доц. М. Петкова, доц. К. Тодорова, доц. Ж. Бонева). В Клиниката по ендокринология са защитени 12 докторски (доц. Вл. Христов, доц. Г. Лазаров, д-р Фарзана, д-р Н. Петрунова, проф. М. Боянов, доц. Ж. Бонева, д-р Е. Харангозо, д-р А. Гатева, д-р П. Ангелова, д-р Е. Захариева, д-р Я. Асцов, д-р В. Карамфилова) и 4 дисертации за доктор на медицинските науки (проф. Н. Колебинов, проф. М. Протич, проф. М. Боянов, проф. З. Каменов). Под ръководството на д-р П. Попиванов в клиниката се създава един от първите центрове по остеопороза унас. В началото се работи с едно-енергийна рентгенова абсорбциометрия, а по-късно започва работа и най-модерният за страната ни апарат за двойно-енергийна рентгенова абсорбциометрия.

През 2014-2015 г. по инициатива и под ръководството на Началника на Клиниката проф. З.Каменов и с разбирането и съдействието на ръководството на Александровска болница към Клиниката по ендокринология беше изградена териториално обособена и оборудвана със съвременна апаратура структура за превенция на ЗД2, която участва в други подобни широкомащабни инициативи по 7ма рамкова програма. Така Центърът за превенция на захарния диабет и усложненията му стана първото в страната обособено звено за профилактика на диабет тип 2, разположено на площ над 300 кв. м., в което са съсредоточени апарати за ранна диагностика на микро- и макросъдовите усложнения на диабета, които се установяват и още в предиабетния етап.

Клиниката по хематология e част от състава на Катедрата по пропедевтика на вътрешните болести до 1975 г. Като самостоятелна клиника е обособена през 1975 г. в paмките на Научния институт по вътрешни болести от доц. Лилия Атанасова (1975-1985), която е и първия ръководител на клиниката. Ръководители на клиниката са били още доц. Лили Попова, доц. Петър Апостолов, доц. Радка Ушева. От 2007 г. ръководител на клиниката е доц. д-р Евгений Хаджиев, д.м. Първите асистенти в клиниката са д-р П. Апостолов, д-р Е. Неделчева, д-р Р. Ушева, д-р Б. Младенов, д-р Н. Удварева. През първите 10 години в клиниката се формират две основни звена – клинично и лабораторно. Лабораторията по цитохимия и хемостазеология е основана от ст.н.с. I cт. Виктория Генова.

Клиниката по нефрология  към УМБАЛ „Александровска“ е създадена през 1980 г. от проф. Атанас Малеев като нефрологично отделение към Клиника по гастроентерология при Катедра по вътрешни болести в рамките на Научен институт по вътрешни болести, а е обособена като самостоятелна клиника през 1984 г. Традициите и духът на професионализъм и екипност, обаче, трябва да се търсят по-назад във времето: голяма част от преподавателите са изградени като клиницисти и преподаватели в Първа вътрешна клиника. Първият ръководител на Отделението по нефрология е проф. Николай Беловеждов (1980-1983). От 1983 до 1989 г. клиниката се ръководи от проф. Тончо Василев, впоследствие (1990-1995) – от проф. Иван Груев, а от 1995 г. до 2009 г. – от доц. Боряна Киперова. От 2009 г. и до сега ръководител на клиниката е проф. Борис Богов.

Клиниката по гастроентерология е основана през 1973 г. от акад. д-р Атанас Малеев, който е и първият й ръководител. Първоначално е била разположена на територията на Александровска болница, а от 1978 г. е в сградата на болницата на бул. „Акад. Ив. Гешов“ 15, понастоящем УМБАЛ „Св. Иван Рилски“. От 1985 до 2008 г. е ръководена от проф. д-р Захарий Кръстев, от 2008 г.  до 2018 от проф. д-р Людмила Матева, а от 2018 и понастоящем от проф. Росен Николов.

Клиниката по ревматология е основана през 1975 г. с ръководител проф. д-р Тамара Пилософ и е включена в състава на Катедрата по пропедевтика на вътрешните болести. От 1988 г. е причислена към Катедрата по вътрешни болести на Медицински университет – София, а от 1993 г. административно е включена в състава на МБАЛ „Св. Ив. Рилски“. Ръководители на клиниката са проф. д-р В. Владимиров, проф. д-р К. Кънев, проф. д-р Й. Шейтанов, а понастоящем – проф. д-р Р. Рашков.

Клиниката по нефрология към УМБАЛ „Св. Иван Рилски“  е създадена през 1986 г. с ръководител проф. Николай Беловеждов. Към нея е сформирана и лаборатория по фармакокинетика със завеждащ проф. Димитър Терзииванов. От 1994 до 2003 г. ръководител на клиниката е доц. Надежда Костова. Оформят се три отделения – „Нефрология“ с диспансер за имунни нефропатии и кардиологичен сектор, „Гастроентерология“ с ендокринологичен сектор и „Клинична фармакология и фармакокинетика“. От 2003 г. до 2017 г. клиниката се ръководи от проф. Райна Робева, а от 2017 до момента от доц. Атанас Кондурджиев.